Traditionnellement la moussaka se fait avec de la viande d'agneau et une sauce tomate bien parfumée, que l'on dispose entre deux couches de légumes (des pommes de terre en Europe de l'Est, des aubergines quand on se rapproche de la Grèce) déjà cuits, ou taillés très fins pour qu'ils cuisent rapidement au four. La moussaka est souvent recouverte de béchamel, et parfois de fromage. En Bulgarie, on ajoute un peu de yaourt nature sur le dessus, qui apporte encore plus d'onctuosité au plat.